In 2016 stelde Muhka een reflectienota Museaal Onderzoek op om tot een onderzoeksplan te komen. Deze visienota brengt diverse onderzoeksperspectieven waarmee museaal onderzoek zich kan verbinden in kaart en tracht een antwoord te formuleren op de vraag naar een eigen bepaling van museaal onderzoek, dat – sterk gekenmerkt door een inter- en transdiciplinaire aanpak – best met ‘forensisch onderzoek’ vergeleken kan worden. Ook worden in de nota enkele eigenschappen omschreven die algemeen gelden voor dit museaal onderzoek en hoe Muhka deze in zijn museumwerking operationaliseert.
Sinds 2002 vormde Muhka een systematische praktijk van onderzoek en beeldvorming van zijn collectie, die voorlopig zou worden afgerond in 2013 met het tweede collectieoverzichtsboek ‘Het Karakter van een Collectie’. Parallel hieraan ontwikkelde Muhka een historiografische visie, met centraal de vraag naar de internationale naoorlogse avant-garde, en een contextuele onderzoekspraktijk. Beide worden momenteel in belangrijke mate verdergezet op het samenwerkingsplatform van de Europese museumconfederatie De Internationale.
De onderzoekgerichtheid blijkt niet alleen in de presentatiewerking, maar ook in de dieptewerking met sommige kunstenaars zoals met Jimmie Durham of met Panamarenko, van wie Muhka teven het huis en archief beheert. Het vindt ook uitdrukking in meerjarige onderzoekssamenwerkingen zoals die met KASK in 2008 voor het doctoraat in de kunsten rond animatie van Edwin Carels, of het ambitieuze project dat in 2015 startte op initiatief van prof.Hilde Van Gelder en de Universiteit Leuven, met twee doctoraten rond het Allan Sekula ensemble in het Muhka. Met de Antwerpse Academie is er een samenwerking rond het archief van Hugo Roelandt, en ontwikkelt het Muhka een onderzoekplatform over de kunstenaar en performance-kunst in België.
De voorbije jaren richtte Muhka zich dan ook op het geleidelijk uitbouwen van instrumenten die de onderzoekoutput kunnen kwantificeren en zichtbaar maken, zoals het in 2011 opgestarte ensembles.org (een CMS dat gericht is op incrementele en gedifferentieerde structurering van informatie en dat onderzoek en publieksgerichtheid verbindt) dat het kerninstrument vormt waarop deze output gerichte ontwikkelingen uitgelijnd zijn. Daarnaast wordt onderzoek ook ontsloten via instrumenten zoals discursieve web-platformen (Afterall, L’Internationale Online), het videoplatform ARTtube, diverse digitale onderzoekplatformen en E-books.
Dit alles uit de overtuiging dat musea bestaansrecht hebben in de zin van de ICOM-bepaling; het verzamelen van de materiële en immateriële getuigenissen van de mens en zijn omgeving, het bewaren, presenteren, en onderzoeken hiervan.
